Se puso en marcha el 12 de abril de 2005 presentado por la empresa IBM y por la ministra española de Educación y Ciencia María Jesús San Segundo. Desde entonces se utiliza en la investigación del genoma humano, la estructura de las proteínas y en el diseño de nuevos medicamentos, entre otros. Su uso está disponible para la comunidad científica nacional e internacional, contolada por un comité de asignación que asigna tiempo de cómputo en función de la valía de los proyectos a realizar.
Mare Nostrum ('mar nuestro' en latín) es el nombre que los romanos usaban para nombrar al mar Mediterráneo. Fue elegido no sólo por el lugar sino también para representar la gran potencia de este recurso informático
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